باشرت جامعة بابل بتاريخ (16/9/2012) ببرنامج التدقيق الداخلي المتمثل بالمرحلة السادسة والاخيرة من برنامج التأهيل والمتمثلة بالتدقيق الداخلي الاولي وبفاعلية كبيرة وضمن البرنامج الزمني المخطط لها بالتأهيل ولكافة انشطتها التعليمية ووفق برنامجها الشامل بضمان الجودة والاعتماد الاكاديمي بعد ان استكملت كافة ادلتها وطرائق الضبط الاجرائي في بناء برامج الاعتماد وفق المصفوفة الادارية ومن خلال تحقيق الاتصالات بين الانشطة وفق الوثائق والاستمارات المحدده ولكل برنامج من برامجها واستكمال برامج التقييم الذاتي واجراء تحليل سوات عليها لعموم الكليات وتحليل البياتات والاحصائيات واتخاذ الاجراءات المطلوبة وفق المتطلبات المحددة بالاهداف , بعد ان انجزت وبتميز واحدة من اهم المتطلبات حيث قامت بتأهيل عدد من رؤساء المدققين الدوليين من مؤسسة اركا البريطانية وشركة بي ام ترادا البريطانية وعددهم ثمانية وكذلك اكثر من مائتي مدقق داخلي وخارجي حيث وزعت برامج التدقيق الداخلي على ثماني فرق تدقيقية لثماني كليات وهي:
( الطب , التمريض , الهندسة , العلوم , القانون , التربية الرياضية , التربية الاساسية , التربية للعلوم الصرفة )